Przez 2 miesiące 20 zespołów badawczych uczestniczyło w serii warsztatów i szkoleń dotyczących organizacyjnych, prawnych, strategicznych, finansowych i biznesowych aspektów prowadzenia projektów technologicznych w celach komercjalizacyjnych. Uczestnicy objęci byli dodatkowo indywidualną opieką mentorską, dzięki której wielu z nich zmieniło kierunek rozwoju swoich projektów. Ze wsparciem mentorów zespoły przygotowały profesjonalne prezentacje inwestorskie. Finałem programu była konferencja Venture Day 2016 Warszawa, na której uczestnicy Wielkiego Zderzacza Pomysłów zaprezentowali swoje projekty inwestorom.

Program akceleracyjny Wielki Zderzacz Pomysłów uzyskał dofinansowanie Województwa Mazowieckiego.